De belangrijkste haven van Santorini (Athinios) ligt in het westelijke deel van het eiland, in dezelfde stad Athinios. Dit is de haven waar de overgrote meerderheid van de veerboten en cruises die het eiland naderen stoppen. Er is ook een andere haven in Fira, maar deze is veel kleiner en het is ongebruikelijk dat veerboten daar aanmeren, het is meer een vissershaven. Hoewel het in deze haven (Fira) is van waaruit de meeste excursies naar de vulkaan vertrekken.

Met het vliegtuig naar Santorini: zijn er goedkope vluchten? De luchthaven van Santorini ligt vlakbij de stad Kamari en naast het strand ...